В 1939 году в г. Краснодаре было организованно Азово-Черноморское Управление рыбоохраны и рыбоводства (Азчеррыбвод), в функции которого входили охрана и воспроизводство рыбных запасов края. В марте 1956 года Азчеррыбвод было организованно в Азово- Черноморскую Государственную инспекцию по охране и воспроизводству рыбных запасов и регулированию рыболовства «Азчергосрыбвод».
Расширялись функции Азчергосрыбвода. Теперь в задачи инспекции, помимо прежних, входили организация и планирование мероприятий на территории Краснодарского края по увеличению рыбных запасов, рациональному использованию рыбохозяйственных водоемов, повышению их рыбопродуктивности и улучшения условий обитания ценных промысловых рыб, разработка правил рыболовства. Во главе инспекции стоял начальник, структура учреждения не делилась на отделы.
6 мая 1958 года было утверждено новое положение об Азово-Черноморской государственной инспекции, по которому «Азчергосрыбвод» входит в состав Главной государственной инспекции по охране и воспроизводству рыбных запасов и регулированию рыболовства (Росглаврыбвод) Госплана РСФСР, а в феврале 1959 года Росглаврыбвод был передан из Госплана РСФСР в Совет Министров РСФСР.
Таким образом, с февраля 1959 года Азово-Черноморское управление стало именоваться Азчергосрыбвод при Совете Министров РСФСР.
12 декабря 1962 года, на основании приказа Главрыбвода при Госкомитете СМ СССР № 46 от 27 сентября 1962 года, Азово-Черноморское управление было реорганизовано в Кубанское бассейновое управление по охране и воспроизводству рыбных запасов и регулированию рыболовства (Кубанрыбвод).
Основными задачами Управления являлись воспроизводство и охрана рыбных запасов края, а также регулирование рыболовства.
Кроме этого – руководство и контроль за работой подведомственной сети – 8 районных государственных инспекций и 19 рыбоводных хозяйств и СМУ.
В 1992 году в состав Кубанрыбвода вошло побережье Черного моря: Сочинская инспекция рыбоохраны, Черноморская инспекция рыбоохраны, Кизилташское хозяйство, Адлерский лососевый завод. И до 2002 года структурных изменений не было.
16 августа 2002 года на основании приказа Госкомрыболовства России № 328 Управление «Кубанрыбвод» и управление «Азоврыбвод» реорганизованы путем слияния в Федеральное государственное учреждение «Азово-Черноморское бассейновое управление по охране, воспроизводству рыбных запасов и регулированию рыболовства». ФГУ «Азчеррыбвод» осуществляло свою деятельность на пяти субъектах Российской Федерации: Краснодарском и Ставропольском краях, Ростовской области, Республики Адыгея и Карачаево-Черкесской Республике.
На основании Приказа Федерального Агентства по рыболовству от 17.06.2005 года № 198 федеральное государственное учреждение «Азово-Черноморское бассейновое управление по охране, воспроизводству рыбных запасов и регулированию рыболовства» переименовано в федеральное государственное учреждение «Азово-Черноморское бассейновое управление по сохранению, воспроизводству водных биологических ресурсов и организации рыболовства».
В июле 2009 года из зоны деятельности ФГУ «Азчеррыбвод» исключены Ростовская область, Ставропольский край и Республика Карачаево-Черкессия.
На основании Приказа Федерального Агентства по рыболовству РФ от 13.02.2009 года № 118 федеральное государственное учреждение «Азово-Черноморское бассейновое управление по сохранению, воспроизводству водных биологических ресурсов и организации рыболовства» переименовано в федеральное государственное учреждение «Азово-Черноморское бассейновое управление по рыболовству и сохранению водных биологических ресурсов».
На основании Приказа ФГУ Азчеррыбвод» от 29.07.2011 года № 83/П и в соответствии с Приказом Росрыболовства от 31.05.2011 года № 528 федеральное государственное учреждение «Азово-Черноморское бассейновое управление по рыболовству и сохранению водных биологических ресурсов» переименовано в федеральное государственное бюджетноеучреждение «Азово-Черноморское бассейновое управление по рыболовству и сохранению водных биологических ресурсов».
07 октября 2015 года утверждена дорожная карта по осуществлению системы сбора и обработки данных при осуществлении государственного мониторинга в подведомственных Росрыболовству учреждениях, осуществляющих указанную функцию на Азово-Черноморском хозяйственном бассейне (ФГБУ «Аздонрыбвод», ФГБУ «Азчеррыбвод», ФГБНУ «АзНИИРХ», ФГБНУ «ГосНИОРХ», ФГБГУ «ВНИИПРХ»). На ее основании штат сотрудников, выполняющих функции государственного мониторинга из ФГБУ «Азчеррыбвод» переведен в ФГБНУ «АзНИИРХ».
На основании Приказа Минсельхоза России от 30.07.2015г. № 336 «О реорганизации федерального государственного бюджетного учреждения «Азово-Черноморское бассейновое управление по рыболовству и сохранению водных биологических ресурсов», федерального государственного бюджетного учреждения «Ачуевский осетровый рыбоводный завод», федерального государственного бюджетного учреждения «Гривенский осетровый рыбоводный завод», федерального государственного бюджетного учреждения «Темрюкский осетровый рыбоводный завод» проведена реорганизация вышеуказанных учреждений путем присоединения к первому.
На основании Приказа Минсельхоза России от 20.06.2016 года № 249 федеральное государственное бюджетное учреждение «Азово-Черноморское бассейновое управление по рыболовству и сохранению водных биологических ресурсов» реорганизовано путем присоединения к федеральному государственному бюджетному учреждению «Главное бассейновое управление по рыболовству и сохранению водных биологических ресурсов» в Азово-Черноморский филиал ФГБУ «Главрыбвод».
23 января 2017 года на основании приказа ФГБУ «Главрыбвод» от 23.01.2017 года № 19 создан Азово-Черноморский филиала федерального государственного бюджетного учреждения «Главное бассейновое управление по рыболовству и сохранению водных биологических ресурсов».